Creo que no. La opción de que cobres tú el importe del arreglo es porque haya algún tipo de contratiempo y repares antes de que la empresa proceda al pago. Esto puede suceder en casos de peritación sin compromiso cuando no hay acuerdo entre compañías. Si la peritación es con compromiso, cobrará el taller y para que cobres sin arreglar, será porque te lo de el del taller, previo descuento del IVA, como es lógico.