Hola borjaa.
El mecanismo de estos techos articulados es un poco complejo, y muy sensible a pequeños golpes, a cierres "fallidos", etc. Está claro que si no encaja bien, algo se ha doblado o desajustado. Costará más o menos, pero puede conseguirse que quede como estaba. Es cuestión de tiempo... y dinero, pero si tienen que desmontarlo por completo, pues que lo hagan.
El problema, lógicamente, será si te entra o no en garantía. Tendrás que pelearlo, pero intenta que te lo reparen. Los que lo hemos sufrido, sabemos lo incómodo que es un coche de este tipo cuando no cierra herméticamente.